Hej Jullekey
Det helt korte svar på dit spørgsmål er JA der er risiko for at identiske poster bliver afstemt "forkert".
Helt basalt set går bankafstemning ud på at sikre sig at der er bogført præcis samme beløb i regnskabet som der er transaktioner for i banken. Så der kigges blot på om de 100 kr. der er hævet eller sat ind i banken også er registreret i regnskabet.
Hvis man har mange ens transaktioner og man ønsker at enkelte poster skal matches med deres reelle modpost så vil det være et manuelt arbejde.
Mit forslag er at du som udgangspunkt vælger den automatiske afstemning og hvis beløbet passer er alt godt. Hvis der så er uoverensstemmelser kan man med fordel ophæve afstemningen af de ens beløb og afstemme manuelt post for post.